| Challenge Protwin : Classement Saison 2006 |
| Challenge Protwin France : Précisions sur le classement final 2006 Thomas Métro à Nogaro a proposé de ne pas prendre ses points. Il est arrivé premier. Ce qui a été pris en compte dans le classement provisoire après cette course. Ses 25 points on été donnés au 2ème de l'épreuve, les 20 points au 3ème et ainsi de suite ... Après la finale au Bol d'Or, Stéphane Molinier a posé réclamation auprès de la FFM demandant que les points de Thomas soient réintégrés au classement. Le tribunal national de discipline et d'arbitrage a considéré que le jury de Nogaro a homologué le classement de la course de Nogaro et qu'aucun coureur ne peut céder ses points à d'autres coureurs. En conséquence, il a accepté la réclamation de Stéphane Molinier et que le classement seul valable à prendre en compte pour Nogaro est celui que le jury à homologué 1/2 h après l'épreuve. Le résultat final est donc modifié. Stéphane Molinier est vainqueur du Challenge 2006, Aurélien Bantigny est deuxième. Et les suivant jusqu'au dixième gardent leur place. |

| Place | Nom et prénom | N° | Moto | Lédenon 2 avril |
Le Mans 22 avril |
Vigeant 28 mai |
Carole 2 juillet |
Lédenon 6 août |
Nogaro 27 août |
Magny-Cours 16 septembre |
Total points |
Total points X-1 |
| 1 | Stéphane MOLINIER | 1 | Ducati 999 R | 25 | 25 | CP | 20 | 25 | CP/Ch | 16 | 111 | 111 |
| 2 | Aurélien BANTIGNY | 2 | Ducati 999 | 13 | 9 | 25 | 25 | 16 | 20 | 6 | 114 | 108 |
| 3 | Jean-Yves BONNET | 7 | Ducati 998 | 16 | 16 | 10 | 11 | 20 | 20 | 9 | 102 | 93 |
| 4 | Alain COTTARD | 76 | Aprilia RSV 1000 | Ab | 20 | 16 | 10 | Ab | 16 | 20 | 82 | 82 |
| 5 | Frédéric BOTTOGLIERI | 15 | Aprilia RSV 1000 | 7 | 11 | 3 | 13 | 10 | 13 | 11 | 68 | 65 |
| 6 | Louis-Luc MAÏSTO | 90 | Ducati 999 | 20 | 13 | 11 | CP | 13 | Ab | Ab | 57 | 57 |
| 7 | Jérémie RASTING | 95 | Ducati 998 | 4 | 7 | 5 | 4 | 7 | 10 | 10 | 47 | 43 |
| 8 | Claude PAVOT | 83 | Suzuki SV 1000 | 10 | 10 | Ch | 6 | 9 | 7 | Ab | 42 | 42 |
| 9 | Michel AMALRIC | 99 | Buell | Ab | Ab | Ab | Ab | 11 | Ab | 25 | 36 | 36 |
| 10 | Emmanuel RIPAULT | 67 | Proto 996 | ° | 4 | 8 | Ab | 3 | 11 | 3 | 29 | 29 |
| 11 | Luc NOËL | 101 | Aprilia RSV 1000 | Ab | Ab | 9 | 16 | Ch | 25 | 25 | ||
| 11 | Jean-Michel MOLINIER | 10 | Ducati 999 | 11 | 5 | Ch | Ab | 6 | 3 | ° | 25 | 25 |
| 11 | Pascal VOILLERY | 121 | Aprilia RSV 1000 R | 9 | Ab | Ch | 9 | 5 | Ab | 2 | 25 | 25 |
| 14 | Thierry MULOT | 141 | Ducati 999 | Ab | Ab | 20 | Ab | Ch | Ab | CP | 20 | 20 |
| 14 | Fabienne MIGOUT | 125 | Ducati 999 | Ab | 2 | Ab | Ab | Ab | 5 | 13 | 20 | 20 |
| 16 | Didier DALET | 110 | Ducati 999 | Ab | ° | Ab | 8 | Ab | Ab | 8 | 16 | 16 |
| 17 | José LATTUADA | 30 | Ducati 998 | 8 | Ch | ° | Ch | NC | ° | 7 | 15 | 15 |
| 18 | Lionel ANCELIN | 17 | Aprilia RSV 1000 | NC | Ab | Ab | Ab | 8 | 6 | Ch | 14 | 14 |
| 18 | Laurent TERMEAU | 25 | Aprilia RSV 1000 | Ab | 8 | 6 | Ch | Ab | Ab | NP | 14 | 14 |
| 20 | Ludovic LOEUL | 100 | Ducati 998 R | Ab | Ab | 13 | ch | Ab | Ab | Ab | 13 | 13 |
| 21 | Pierre SOLARI | 94 | Ducati 996 SPS | Ab | NQ | Ab | 7 | Ab | Ab | 5 | 12 | 12 |
| 22 | Jean-Pierre BONDU | 86 | Voxan 1000 | Ab | ° | 7 | Ab | Ab | CP | 4 | 11 | 11 |
| 23 | Nicolas VILLET | 154 | Aprilia RSV 1000 | Ab | Ab | Ab | Ab | Ab | 9 | Ab | 9 | 9 |
| 24 | Christophe LOUSTALET | 152 | Aprilia RSV 1000 | Ab | Ab | Ab | Ab | Ab | 8 | Ab | 8 | 8 |
| 24 | Franck-Olivier FONTAINE | 85 | Suzuki TLR 1000 | Ab | 6 | Ab | 2 | Ab | Ab | NP | 8 | 8 |
| 26 | Mickaël MARTIN | 27 | Honda VTR 1000 | 6 | CP | Ab | Ab | Ab | Ab | Ab | 6 | 6 |
| 26 | Éric KOVACS | 9 | Aprilia RSV 1000 | 1 | CP | Ab | 5 | Ab | Ab | Ab | 6 | 6 |
| 26 | Selim DUTIPEK | 23 | SD Carbone 997 | Ab | Ab | 1 | Ab | 4 | Ab | 1 | 6 | 6 |
| 28 | Frédéric MUNOZ | 164 | Suzuki TLR 1000 | 5 | ° | Ch | Ab | NC | ° | Ab | 5 | 5 |
| 29 | Cyril CLARAC | 136 | Ducati 999 S | Ab | Ab | Ab | Ab | Ab | 4 | Ab | 4 | 4 |
| 29 | Raphaël BAUDRY | 44 | Aprilia RSV 1000 | Ab | NQ | 4 | Ab | Ab | Ab | Ab | 4 | 4 |
| 29 | François BOYER | 55 | Ducati 999 | 2 | NQ | 2 | NQ | CP | CP | CP | 4 | 4 |
| 32 | Philippe HOURDEQUIN | 21 | Ducati 999 S | Ab | Ab | Ab | 3 | Ab | Ab | NP | 3 | 3 |
| 32 | Wilfried LESAGE | 118 | Aprilia RSV 1000 | Ab | 3 | ° | ° | NC | ° | ° | 3 | 3 |
| 32 | Elvis LOLLIOT | 151 | Aprilia RSV 1000 | 3 | Ab | Ch | Ab | Ab | Ab | Ab | 3 | 3 |
| 35 | Pierre JUYON | 26 | Twister 2 996 | Ab | Ab | Ab | Ab | Ab | 2 | Ab | 2 | 2 |
| 35 | Hugo NYULS | 33 | Aprilia RSV 1000 | Ab | Ab | Ab | Ab | 2 | Ab | Ab | 2 | 2 |
| 35 | Arnaud SASSONE | 49 | Ducati 999 | ° | 1 | ° | 1 | NC | ° | Ab | 2 | 2 |
| 38 | Guillaume LANDEAU | 28 | Ducati 999 R | Ab | ° | Ab | Ab | Ab | 1 | Ab | 1 | 1 |
| 38 | Emmanuel SANCHEZ | 38 | Aprilia RSV 1000 | CP | Ab | Ab | Ab | 1 | Ab | ° | 1 | 1 |